Die Durchlaufentgiftung von Abwässern ist/war da am Platze, wo ständig größere Abwassermengen anfallen. Hierbei müssen cyanidische, chromsäurehaltige und andere Abwässer getrennt geführt und behandelt werden. Die zur Entgiftung dienenden Chemikalien werden dem Abwasser entweder kontinuierlich über die Dosiervorrichtung oder von Zeit zu Zeit in besonderen Behältern zugegeben. Mitunter werden auch besondere Mischbehälter verwendet. Im Gegensatz zur Standentgiftung entfallen bei dieser Entgiftung in der Regel die Sammelbecken. Die Klärung des Abwassers erfolgt in Absetz- oder Klärbecken.
Ab Anfang der 1990er Jahre wurden in Deutschland Durchlaufentgiftungen verboten, weil sie als „nicht Prozesssicher“ galt. Anfang der Jahrtausendwende kam zumindest in der Theorie die Durchlaufentgiftung wieder in Mode, weil moderne Steuerungs- und Regeltechnik die Prozesssicherheit in den Griff bekommen können und diese Entgiftungsmethode sich besser in die Kontinuität einer Produktion einfügt. Da der Bau von Durchlaufentgiftungen in Deutschland immer noch verboten wird, bleibt es auch weiterhin bei der Theorie.